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Institut für Infektionsmedizin (IMED)

Labor für angewandte Biomathematik

Das Labor für angewandte Biomathematik befasst sich mit allen aufkommenden statistischen und bioinformatischen Fragestellungen am Institut für Infektionsmedizin. Dazu zählen vorranging:

  • statistische Auswertungen und Erhebungen
  • Multilocus-Sequenztypisierungen (MLST) und Varianten-Wirt-Pathogen Interaktionen
  • Auswertungen von Next Generation Sequencing (NGS) Daten
  • Genotyp Wahrscheinlichkeitsverteilungen (z.B. Quasispeziesanalysen)

Die zu bearbeitenden Fragestellungen umfassen dabei sowohl ein breites Erregerspektrum von viralen und bakteriellen Erregern, verschiedenste Vektoren (Mücken, Gnitzen und Zecken) sowie auch ein vielfältiges Wirtsspektrum von z.B. Hunden und Schafen bis hin zu Fischen.

Forschungsschwerpunkte

Die Forschungsschwerpunkte des Labors liegen derzeit im Bereich der Auswertung von Metagenomdaten verschiedenste Vektoren sowie deren Funktion als Reservoire für vielfältige Erreger. Hierzu bedarf es den engen Kooperationskontakt zu weiteren Laboren des IMEDs (Labor für Bienenkrankheiten, Labor für Vektorkapazität, Labor für Stechmücken-Monitoring, Labor für molekulare Vektor-Pathogen-Interaktion). Für die Auswertungen gibt es verschiedenster Methodiken, wobei der Fokus besonders auf der Entwicklung neuer Tools und Strategie für die sekundäre Analyse von Sequenzdaten liegt. Dazu werden z.B. phylogenetische und nicht hierarchisch clusterbildende Methoden kombiniert, um geeignete Merkmale verschiedenster viraler Gruppen zu bestimmen. Die mathematischen Grundlagen für diese Prozesse bieten dabei Poisson-, Bernoulli- oder Markov Chain Monte Carlo Verfahren. Des Weiteren liegt ein Schwerpunkt der Arbeiten im Bereich der phylogenetischen Netzwerke sowie der Phylogeographie.