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Institut für Virusdiagnostik (IVD)

Labor für Datenkurierung

Nie zuvor wurden in der Wissenschaft mehr Daten produziert als heute. Methodische Neuentwicklungen und der technologische Fortschritt in der Informationstechnik machen es heute möglich, diese Datenmengen zu speichern und zu teilen. Für deren Analyse sind nicht nur neue Auswertemethoden notwendig; auch die  Sicherstellung der Datenqualität ist Voraussetzung für ein gutes Analyseergebnis. Das Labor für Datenkurierung beschäftigt sich mit Methoden der Datenpflege und Auswertung und setzt diese praxisnah um.

GISAID EpiFlu™: Datenkurierung einer Influenza Sequenzdatenbank

GISAID EpiFlu™ (www.gisaid.org) ist die weltweit größte öffentliche Datenbank für Influenzasequenzen. Das technische Hosting wird durch die Bundesanstalt für Landwirtschaft und Ernährung (BLE) durchgeführt. Die wissenschaftliche Plausibilitätsprüfung erfolgt durch das Friedrich-Loeffler-Institut.

Die Kuratorin entwickelt gemeinsam mit Softwareentwicklern neue Konzepte und Methoden für die qualitätsbasierten Datenkurierung und wendet diese an. Nur durch den Einsatz flexibler Software und neuer Datenbankfunktionen kann trotz kontinuierlich steigender Datenmengen eine ausreichend schnelle Überprüfung der Daten bei großer Genauigkeit gewährleistet werden.

Forschungsprojekte

Ad-hoc-de-novo-Detektion viraler Erreger mit adaptiver Diagnostik zur Verhinderung von Epidemien (DetektiVir): Optimierung der in-lab und in-silico Verfahren zur metagenomischen Virusdetektion


Im Rahmen des Projektes DetektiVir wird ein Diagnostik-Workflow erarbeitet, der eine bessere und schnellere Identifizierung neuer viraler Erreger ermöglicht. Im Zentrum stehen dabei neue Software- und Datenbankfunktionalitäten, die einen hohen Automatisierungsgrad ermöglichen.
Darüber hinaus sollen diese Funktionen durch einfache grafische Bedienkonzepte und Datenschnittstellen weiten Anwendergruppen zugänglich gemacht werden. Das Projekt ist stark interdisziplinär ausgerichtet und wird zusammen mit Industriepartnern durchgeführt.

Gefördert wird das Projekt im Rahmen des Programms „Zivile Sicherheit“ (www.sifo.de) des BMBF.
Das FLI stellt die Datenplattform für die Nutzer bereit. (https://detektivir.fli.de)

Ein Ziel dieses von der Europäischen Union im Horizon 2020 Programm geförderten Verbundprojekts (www.compare-europe.eu) ist es, durch Standardisierung eine bessere Vergleichbarkeit von NGS-Sequenzdaten zu erreichen. In einem Pilotprojekt wird z.B. der Einfluss verschiedener Sequenzierverfahren und Datenanalysepipelines mit Hilfe eines Ringversuches mit Probenmaterial aus drei europäischen H5N8 Influenza Ausbrüchen verglichen.

Gemeinsam mit dem Referenzlabor für Aviäre Influenza werden zur Zeit neue Methoden für den Diagnostikeinsatz erprobt. Diese zielen auf eine Erregercharakterisierung auf Populationsebene ab, die durch Tiefensequenzierung möglich wird.


Link:

OIE und NRL für Aviäre Influenza


In Kooperation mit den Referenzlaboren für Afrikanische und Klassische Schweinepest wurden im Rahmen einer Ausbruchsuntersuchung von PEDV zahlreiche klinische Kotproben aus Schweinehaltungen tiefensequenziert. Nach erfolgreicher Erregerbestimmung sollen die Datensätze nun im Rahmen von gemeinsamen Studien mit internationalen Kooperationspartnern hinsichtlich Koinfektionen und Resistenzmarkergenen detailliert untersucht werden. 


Links:

Nationales Referenzlabor für Afrikanische Schweinepest

Nationales Referenzlabor für Klassische Schweinepest